Вставлять перед "</body>"
Code
<script language="JavaScript">
if (top.location.search=="") {
pass = prompt('Введите пароль');
if (pass=='ЗДЕСЬ ВАШ ПАРОЛЬ')
{ alert('Пароль принят') } else { alert('Пароль непринят!'), top.location.href="СТРАНИЦА НА КОТОРУЮ УЙДЕТ ЮЗЕР ЕСЛИ ОН НЕ ПРАВИЛЬНО ВВЕЛ" }
};
</script>